gatk报错整理

gatk -V gvcf报错

报错内容

A USER ERROR has occurred: Failed to create reader from file:///...

image.png

报错原因：gvcf同目录下缺少idx文件
解决方法：复制过来上步骤和gvcf一起生成时候的idx文件过来

gatk安装调用报错

直接装软件：conda install gatk4
小环境下又装一次：conda create -n wes && source activate wes && conda install gatk4

在没激活环境wes的时候，运行gatk软件，乱报错，究其原因可能是软件调用出错，报错信息：什么不协调！！！！！

解决方法：

• source activate wes，在运行任务命令，作为尝试
• 为防止以后再出现这个情况，卸载未在小环境下安装的gatk4

截图未保留，但软件调用成功！！

A USER ERROR has occurred: Invalid argument

gatk --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./"   GenomicsDBImport  \
    -L chr1 \
    -R $ref \
    -V 7E5239.raw.all.gvcf \
    -V 7E5241.raw.all.gvcf \
    --genomicsdb-workspace-path gvcfs_${bed}.db

报错内容

***********************************************************************

A USER ERROR has occurred: Invalid argument '7E5239.raw.all.gvcf'.

***********************************************************************
Set the system property GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION (--java-options '-DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true') to print the stack trace

原因：

• 通常出现 Invalid argument都是因为报错的内容，在命令的位置前后出现错误，或参数输入错误，或参数传递内容出现错误，或内容缺失。

本次错误原因：

• $ref没有赋值，为空，在代码运行的sh里赋值ref=""即可