一、箱线图

箱线图（boxplot）又称为盒须图，是一种描述连续型变量分布的统计图，因形状如箱子而得名。箱线图提供了一种使用5个点对数据集做简单总结的方式。这5个点包括最小值（minimum）、下四分位数（第25百分位数，Q1）、中位数（第50百分位数，Q2）、上四分位数（第75百分位数，Q3）以及最大值（maximum）。

IQR表示四分位距（interquartile range），即上四分位数与下四分位数的差值（Q3 - Q1）。默认情况下，两条须的延伸极限不会超过矩形盒两端加1.5倍四分位距的范围。此范围以外的值即离群点（outliers）。从矩形盒两端边向外各画一条线段直到不是异常值的最远点，表示该批数据正常值的分布区间。内限即异常值截断点为Q3 + 1.5 IQR和Q1 - 1.5 IQR，外限为Q3 + 3 IQR和Q1 – 3 IQR。处在内限以外位置的点表示的数据都是异常值，其中在内限与外限之间的异常值为温和异常值（mild outliers），在外限以外的为极端异常值（extreme outliers）。

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小提琴图是箱线图的变种，可以当作箱线图与核密度图的结合。与箱线图相比，小提琴图还可以反映数值的密度分布范围。

 二、R Script

（1）基因表达量原始矩阵

（2）数据整合，按基因求均值

（3）把宽数据变成长数据

（4）修改分组名称

（5）画箱线图

（6）分面

（7）小提琴图

（8）带散点和凹槽的箱线图

太丑了不忍直视

（9）内置箱线图的小提琴图

（10）添加显著性标记的箱线图

相当麻烦, 还是用Illustrator吧

三、条形图和折线图

（1）误差线数据

这里使用的是Rmisc包的summarySE函数。用法为： summarySE(data = NULL, measurevar, groupvars = NULL, na.rm = FALSE, conf.interval = 0.95, .drop = TRUE) 。measurevar是含有测量值数据的一列的列名。groupvars是分组变量的列的列名。summarySE处理的为长格式数据，可以获得一个包含计数（count，N）、平均值（mean，measurevar）、标准差（standard deviation，sd）、平均值的标准误差（standard error of the mean，se）和置信区间(默认为95%)（confidence interval，mean±ci）的数据框。

 （2）条形图

（3）折线图