GISTIC2本地版用起来难度大，建议使用在线版本：https://cloud.genepattern.org/gp/pages/login.jsf；

具体方法参考：https://www.jianshu.com/p/4312a453b4a4?clicktime=1578478942

但特别注意的是，这个作者准备输入数据的代码有误，错误原因在于把样本名16个字符以后的删除之后，会导致不同的样本有同样的样本名，结果就是导致GISTIC2报错，说有overlap；只要保持样本名不变即可，具体代码，如下，仅供参考：

library(dplyr)

library(TCGAbiolinks)

query <- GDCquery(project = "TCGA-GBM",

                  data.category = "Copy Number Variation",

                  data.type = "Masked Copy Number Segment")

GDCdownload(query, method = "api", files.per.chunk = 100)

segment_dat <- GDCprepare(query = query)

head(segment_dat)

segment_dat$GDC_Aliquot <- segment_dat$Sample

segment_dat$Sample <- substring(segment_dat$Sample,1,16)

head(segment_dat)

segment_dat <- grep("01A$",segment_dat$Sample) %>% segment_dat[.,]

#segment_dat[,1] <- segment_dat$Sample原来有错误的地方，千万不能这么写

segment_dat <- segment_dat[,-7]

write.table(segment_dat,"MaskedCopyNumberSegment-2.txt",sep="\t",

            quote = F,col.names = F,row.names = F)