使用R语言局部放大图片

在处理图片的时候，有时候需要将局部图片放大，比如病理的免疫组化的图，那么如何实现R的局部放大呢？

记录一个蛮有趣的功能，选择性放大图片的部分区域。处理密集分布数据应该很有效，示例数据不是很合适。

示例数据演示

我们使用自带测试数据iris，绘制Petal.Length与Petal.Width相关散点图。

加载数据

data(iris)
## 显示前10行数据
iris[1:10, ]

Sepal.Length	Sepal.Width	Petal.Length	Petal.Width	Species
5.1	3.5	1.4	0.2	setosa
4.9	3.0	1.4	0.2	setosa
4.7	3.2	1.3	0.2	setosa
4.6	3.1	1.5	0.2	setosa
5.0	3.6	1.4	0.2	setosa
5.4	3.9	1.7	0.4	setosa
4.6	3.4	1.4	0.3	setosa
5.0	3.4	1.5	0.2	setosa
4.4	2.9	1.4	0.2	setosa
4.9	3.1	1.5	0.1	setosa

绘制散点图

library(ggplot2)
# 定义主题
theme <- theme_bw() + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, size = 22), axis.text.x = element_text(hjust = 0.5,
  size = 18), axis.text.y = element_text(hjust = 0.5, size = 18), axis.title.y = element_text(size = 18),
  axis.title.x = element_text(size = 18), legend.text = element_text(size = 18),
  legend.title = element_blank(), legend.position = c(0.85, 0.2), legend.background = element_blank())
# 绘图
p1 <- ggplot(data = iris, aes(x = Petal.Length, y = Petal.Width)) + geom_point(aes(color = Species),
  size = 2) + scale_color_manual(values = c("#2fa1dd", "#e6b707", "#f87669")) +
  theme
p1 <- p1 + geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ x, se = TRUE, show.legend = FALSE,
  color = "#66C2A5")
p1

默认散点图

安装并加载ggmagnify

ggmagnify目前还没有被CRAN收录，目前有两种安装方式：GitHub和r-universe

# 如果可以访问GitHub
# remotes::install_github("hughjonesd/ggmagnify")
# 国内可通过r-universe进行安装
install.packages("ggmagnify", repos = c("https://hughjonesd.r-universe.dev", 
                 "https://cloud.r-project.org"))
## 加载ggmagnify
library(ggmagnify)

指定局部放大区域

指定局部放大区域的话，我们需要定义相应的坐标，比如原图需要放大的区域坐标，以及将放大后的局部图插入到原图的位置坐标。

指定放大坐标范围与放大后图片放置区域，顺序为xmin, xmax, ymin, ymax

target = c(4.6, 5.4, 1.5, 2)  ##目标区域的x轴为4.6-5.4，y轴为4.1-5.2
insert = c(1.2, 3, 1.3, 2.5)  ##插入区域的x轴为1.2-3，y轴为1.3-2.5

放大局部区域只需要一步函数geom_magnify()

p2 <- p1 + geom_magnify(from = target, to = insert)
p2

局部放大散点图

我们还可以放大局部区域（添加坐标轴）,并自定义轮廓线颜色

p3 <- p1 + geom_magnify(from = target, to = insert, proj = "facing", colour = "#0066fe",
  linewidth = 0.5, axes = TRUE)
p3

自定义局部放大图