R包的应用
- 什么是R包？
R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。
学生信，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包
安装和加载R包
镜像设置
- 首先用file.edit()来编辑文件（在Rstudio中运行）
file.edit('~/.Rprofile')#.Rprofile就是一个代码文件，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动Rstudio时完成的）
2.在Rprofile文件中编辑
options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源
当然可以换成其他地区的镜像
- 查询镜像是否设置妥当
关闭Rstudio后重启，运行
options()
BioC_mirror
安装包
install.packages(“包”)
或者
BiocManager::install(“包”)
加载包
library(包)
require(包)
dplyr五个基础函数
dplyr五个基础函数.png
注：
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stringsAsFactors|
logical: should character vectors be converted to factors? The ‘factory-fresh’ default is
TRUE, but this can be changed by setting[options](http://127.0.0.1:24786/help/library/base/help/options)(stringsAsFactors = FALSE).
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tidyverse是一组处理与可视化R包的集合，其中ggplot2与dplyr最广为人知。
核心包有以下一些：
ggplot2 - 可视化数据
dplyr - 数据操作语法，可以用它解决大部分数据处理问题
tidyr - 清理数据
readr - 读入表格数据
purrr - 提供一个完整一致的工具集增强R的函数编程
tibble - 新一代数据框
stringr - 提供函数集用来处理字符数据
forcats - 提供有用工具用来处理因子问题
作者：王诗翔
链接：https://www.jianshu.com/p/f3c21a5ad10a
来源：简书
