贴一个下载网址，解压缩后可以直接运行

http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi

基于单个样本的基因预测

gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modsample1.cut500.scafSeq -A sample1_protein.fasta -D sample1_nucleotide.fasta

gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modsample2.cut500.scafSeq -A sample2_protein.fasta -D sample2_nucleotide.fasta

gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modsample3.cut500.scafSeq -A sample3_protein.fasta -D sample3_nucleotide.fasta

基于混合组装的基因预测

gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.modmix.cut500.scafSeq -A mix_protein.fasta -D mix_nucleotide.fasta

参数说明：

-a 显示预测得到的基因的蛋白序列

-A 蛋白序列输出文件

-d 显示预测得到的基因的核酸序列

-D 核酸序列输出文件

-f显示输出格式，L=LST，G=GFF

-m 用于基因预测的模型文件，MetaGeneMark提供的MetaGeneMark_v1.mod适用于宏基因组预测

prokka rapid prokaryotic genome annotation，快速的原核基因组注释

注释模式:古生菌、细菌、线粒体或病毒，默认细菌

prodigal(Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm)用于原核微生物基因组和宏基因组的基因预测, 是Oak Ridge National Laboratory和University of Tennessee-Knoxville 在2007年联合开发的

https://github.com/hyattpd/Prodigal

 -m -p meta

真核生物基因预测

https://www.cnblogs.com/lyon2014/p/4065144.html

https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_gene_prediction_software