最近又有一批数据要分析，发现现在的测序分析软件更新太快，一时之间跟不上了，后悔之前没有持续学习和做日志的习惯，现在重新开始学习。主要是qiime2、R画图、excell画图以及统计分析。

今天先记录一些疑惑。

（1）picrust2  

picrust1预测的准确性越来越差是由于输入文件otu table 需要基于greengene 13.5数据库得到 closed-reference OTU table，这个table长下面这样。

picrust2官网上描述是Allow users to predict functions for any 16S sequences. Representative sequences from OTUs or amplicon sequence variants (e.g. DADA2 and deblur output) can be used as input by taking a sequence placement approach。我看一些大咖的解读也是sliva 数据库比对的结果也可以用picrust2分析，但是我看有博主的步骤还是greengene 13.5的close-reference OTU table 输入，表示纳闷？？？我用的mothur+Vsearch分析的数据，数据库应该是sliva，得到Otu table和reference fasta,目前还没有报错。

（2）对扩增子测序分析有了新的认识

重新阅读了两篇扩增子分析的综述类文章，对一些概念，流程由有了进一步的认识。

[1]刘永鑫,秦媛,郭晓璇,白洋.微生物组数据分析方法与应用[J].遗传,2019,41(09):845-862.DOI:10.16288/j.yczz.19-222.

“16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状” 杨潇瀛，张浩林，韩莹莹，翁强，袁峥嵘*

首先，对流程清晰以后各个平台之间就能切换交互起来；

其次，之前看到一些新的包或者软件一直很焦虑也很好奇，想用就不知道能不能适用，能不能锦上添花，现在大多能分出那些可以拓展用到扩增子上。

（3）一些代码到简书上形成可复制的code，用设置--默认编辑器--MarkDown编辑器 再配合tab键上的点符号。

```r

qiime + R

```