Fastsimcoal2 模拟群体案例

假设我们想模拟经历了以下群体演化历史的群体样本：

population.png

我们在3popDNASFS.par文件中来描述这个群体演化历史的过程，这个演化过程是时间回溯的，从下往上依次来描述这个过程：

3popDNASFS.par

//Number of population samples (demes) 
3 
//Population effective sizes (number of genes) 
20000 
5000 
10000 
//Sample sizes 
20 
20 
6 1500 
//Growth rates: negative growth implies population expansion 
0 
0 
0 
//Number of migration matrices : 0 implies no migration between demes 
0 
//historical event: time, source, sink, migrants, new size, new growth rate, migr. matrix  
4  historical event  
2000 1 2 0.05 1 0 0  
2980 1 1 0 0.04 0 0   
3000 1 0 1 1 0 0   
15000 0 2 1 3 0 0  
//Number of independent loci [chromosome]  
1 0 
//Per chromosome: Number of linkage blocks 
1 
//per Block: data type, num loci, rec. rate and mut rate + optional parameters 
DNA 10000000 0.00000001 0.00000002 0.33

1. 首先我们定义了要模拟的群体数量是 3 个，初始化了它们的有效群体大小Demo 0: 20000, Demo 1: 5000, Demo 2: 10000。
2. 接着我们定义了我们要模拟的单倍型的数量：Demo 0: 20, Demo 1: 20, Demo 2: 在1500代前的数量是6。由于它们的有效群体大小没有变化（相对于梯形增加或减少），设置它们的增长率为Demo 0: 0, Demo 1: 0, Demo 2: 0。
   没有种群间的持续基因流，所以不设置迁移矩阵，迁移矩阵的数量为0。
3. 接下来定义历史事件，我们从下往上回溯。一共涉及4个历史事件:

• 从现在起回溯到2000代的时候，有0.05的Demo 1 (source) 要回到Demo 2 (sink) 中，Demo 2 (sink) 的有效群体是原来的1倍，群体增长率为0，没有基因流发生0。
• 继续回溯到2980代(3000-20) 时，Demo 1的群体变为原来的0.04倍，接着增长率为0并且没有持续基因流0 0。
• 接着回溯到3000代的时候，全部1的Demo 1 (source) 要回到Demo 0 (sink) 中，Demo 0 (sink) 的有效群体是原来的1倍，群体增长率为0，没有基因流发生0。
• 最后回溯到15000代时，全部1的Demo 0 (source) 要回到Demo 2 (sink) 中，Demo 2 (sink) 的有效群体是原来的3倍，群体增长率为0，没有基因流发生0。

4. 然后我们定义在一条1染色体上模拟，并且没有0结构差异，也就是只有一个1block。
5. 最后定义我们模拟的数据的类型，数量（长度），突变率，重组率等等。
   参考：fastsimcoal27