1. kSNP3 安装
cd ~/tools
wget https://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_package.zip
unzip kSNP3.1_Linux_package.zip
加入环境变量：
vim ~/.bashrc
i
export PATH=$PATH:$HOME/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3
ESC
shift + ：
wq!
source ~/.bashrc
编辑主程序kSNP3的第8行：
将 set kSNP=/usr/local/kSNP3
改为：set kSNP=/home/lhl/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3
注：根据自己的路径进行修改
2. 基本用法
将所有的基因组文件放于988_ksnp目录之中，在其上一级目录下运行命令创建输入列表：
MakeKSNP3infile 988_ksnp inlist A
运行命令创建输入序列集合：
MakeFasta inlist fastainput_988
计算最佳K值：
Kchooser fastainput_988
寻找SNPs并构建进化树：
nohup kSNP3 -in inlist -outdir SNPs_20181214 -k 23 -ML -NJ -vcf -CPU 30 -core -min_frac 0.5 |tee Log_988_20181214.txt &
