关于KEGG的报错别的没遇到过,但近期遇到一个报错,其实解决办法超级无敌简单,但是看到好多人的解决办法说的天花乱坠
报错内容如下:
> kegg_enrich <- enrichKEGG(gene = gene_entrez$ENTREZID, organism = 'org.Hs.eg.db')
Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/link/org.Hs.eg.db/pathway"...
错误于file(con, "r"):
cannot open the connection to 'https://rest.kegg.jp/link/org.Hs.eg.db/pathway'
此外: 警告信息:
In file(con, "r") :
URL 'https://rest.kegg.jp/link/org.Hs.eg.db/pathway': status was 'Failure when receiving data from the peer'
网上查了解决办法,好多人推荐升级R的版本或者改变下载函数(utils::download.file和 downloader::download)使用默认的方法,本人试了但都无效,最终翻了翻之前的代码,发现只要把organism = 'org.Hs.eg.db' 改为 organism = 'hsa' 即可,老鼠应该是同样的道理,不应该是org.Mm.eg.db 而应该是 mmu.