1 PDB网站（https://www.rcsb.org/）下载需要蛋白结构；

2 以PDB ID 2QMJ 人体葡萄糖淀粉酶为例，查看蛋白名称、来源和分辨率大小、配体信息等；该蛋白的配体主要为阿卡波糖ACR，记录蛋白位置有利于下一步对接口袋的选择；

3 下载该蛋白的PDB格式，应用Pymol软件观察蛋白和配体结构；

4 最上面一行分别为蛋白序列、配体序列以及水分子，可以提前将水分子删除，或者在预处理阶段去除都可以；

5 观察有几条链，多条链一般都是对称的，一般只保留其中的一条链就好；

6 将蛋白转换成 卡通 模式，便于观察酶结构和配体结构；

7找到配体位置，将其设置为stick模式，将配体设置成为一个新对象；

8分别将蛋白结构和配体结构保存为PDB格式，备用；

至此蛋白和共结晶配体的准备阶段基本完成 后面还会继续对vina分子对接进行介绍 希望大家方便大家 喜欢就关注木初 如有问题 可以下方留言