设计原则
序列长度：一般为 21 - 23 个核苷酸的双链 RNA，这样的长度能有效被 RISC 识别并发挥作用。碱基组成：正义链的 5' 端为 A 或 U，3' 端为 G 或 C；反义链的 5' 端为 G 或 C，3' 端为 A 或 U。并且，整体 GC 含量在 30% - 50% 为宜，这样有利于双链的稳定性和与靶 mRNA 的结合。避免重复序列：应避免出现 4 个或以上相同碱基的连续重复，因为连续重复碱基可能会影响双链的形成和与靶 mRNA 的结合特异性。避开二级结构：选择靶 mRNA 上没有复杂二级结构的区域，二级结构会阻碍 siRNA 与靶 mRNA 的结合。
优化策略
脱靶效应评估：使用生物信息学工具对设计的 siRNA 序列进行全基因组比对，评估其与非靶 mRNA 的潜在互补性，选择与非靶 mRNA 互补性低的序列。化学修饰：对 siRNA 的碱基或磷酸骨架进行化学修饰，如 2'-O - 甲基化、硫代磷酸化等，可增强其稳定性，降低脱靶效应。
