服务器建树

第一步

创建环境，接下来的软件均安装在此处
conda create -n tree conda activate tree
安装多序列比对软件
conda install -c bioconda mafft
安装序列修剪软件
conda install -c bioconda trimal
安装建树软件
conda install -c bioconda fasttree

多序列比对

mafft --auto input>output

修剪

trimal -automated1 -phylip -in 1.fasta -out 1.trimal.fasta

建树

FastTree从核苷酸或蛋白质序列的排列推断出近似最大似然系统发生树，可以直接拖到mega进行可视化
fasttree 1.trimal.fasta>1.Newick

或者用muscle比对
/public1/home/stu_zhangyingyin/project/orthofinder/muscle3.8.31_i86linux64 -in 1.fasta -out 1.afa -maxiters 1 -diags

MUSCLE还可以建树
UPGMA tree：
muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy
Neighbor-Joining tree ：
muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy -cluster neighborjoining

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