每天都能见到新的花样的bug
用Racon进行polish的时候直接在sh中提示非法指令
(genomics) tl5024@iyun50:~/genome/work$ racon -t 64 ont.fq.gz ont_vs_asm_round1.paf polished_round0.fa > polished_round1.fa
非法指令
我还以为是命令不对，反复检查没问题
文件也反复检查了没问题，conda和mamba确认过了版本是最新的Racon 1.5.0也没问题
最后终于发现原来是服务器CPU的问题，可能是缺少某个指令集，导致conda/mamba编译的Racon有bug
所以解决办法也很简单，从Github上下载二进制文件自己编译就行
git clone https://github.com/lbcb-sci/racon && cd racon && mkdir build && cd build
cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release .. && make
然后每次运行时用这个本地编译的版本就行
alias racon-local="/media/desk16/tl5024/softwares/racon/build/bin/racon"
如果懒得每次登陆都alias一次，保存成sh脚本然后在.bashrc让每次启动bash时都source一次就行
