Linux课程---生信技能树（卖萌哥）
01-介绍篇
1.为什么用conda，因为源代码安装太麻烦。Linux系统默认你啥都会，所以作为Root客户，是真有可能弄坏root的呢？关于命令，你知道一些经常用的知道用啥搜啥就好
2.http://man.linuxde.net/大概是目前最全的linux命令帮助文档网站。。
3.在登录节点跑东西会把服务器跑奔溃，这是不为管理员所允许的。登录节点就是登录用的，安装软件可以在登录节点安装，很多计算结点是不联网的，也是为了安全问题。先到登录节点，再提交任务到计算节点。跑的时候可以直接跑到shh计算节点去，可以回顾之前干了什么（善于用脚本的文件进行记录，你当初是用什么命令跑的）
02总览
1.课前预热：
[if !supportLists]（1）[endif]课前准备工作：安装软件
[if !supportLists]（2）[endif]心态准备：在学linux之前，是否有担心（linux技术，1994年，不可能成为你学习上任务上的绊脚石，挺简单的）
[if !supportLists]（3）[endif]在学linux之前的一些疑问：为什么学习Linux（高效稳定；批量处理能力强，多任务多用户）；怎样学好Linux（如同学习windows一样多实践，要会场景迁移）？ 如何听这门课（先听，再多练习，多探索）。
[if !supportLists]2. [endif]Linux系统简介
2.1操作系统是管理和控制计算机硬件和软件资源的最基本的计算机程序，任何应用程序都必须基于操作系统的支持才能运行。常见三大操作系统：Windows；MacOS; Linux
2.2发行版本
一个典型的Linux桌面发行版包括一个Linux内核。目前生信常用主要有两个版本：Red Hat的CentOS, Debian系列的Ubuntu（更流行些）。作为普通用户，两者没有任何区别，管理员才可能存在一些区别。Deepin国内人自己开发的，相应效果还是挺好的。
[if !supportLists]3. [endif]实战1：登录服务器 （连接服务器的两种方式）法一Xshell填表法（连接中：主机号与端口按照曾老师提供的填；用户身份验证填用户名，填密码就可以了）----登录进了之后，最后一行是ID号，用exit退出Xshell系统 ；Mac用户用Termius填表法 法二：ssh命令行法（直接输ssh用户名@IP地址 端口号（2333/6652）+再输入密码就可以了-----曾老师发的直接满足）
[if !supportLists]4. [endif]重新登录（按一个上键，按Enter） 修改命令行配色：运行下面代码，在linux命令示例，md。
[if !supportLists]5. [endif]echo 'export PSI="\[\03312;\h;\u \w\007\003[33; lm\j\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\j\w[033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\w[0m\]"' >> ~/ .bashrc
（颜色配置没有成功，为什么呢？？？）
[if !supportLists]6. [endif]
[if !supportLists]7. [endif]文件结构：在linux中，一切皆文件（整体框架呈现倒置的树状图） bin开头的主要存放命令文件；普通用户的home家目录（登录面）；root用户有所区别
[if !supportLists]8. [endif]文件传输，按
，会直接进入传输页面，需要下载XFP，等会好好学习一下怎么样将本地文件传输给服务器文件列表。文件传输Mac是用FileZilla
04 如何查看文件目录 ---pwd
1.命令格式：命令+ 选项（如-键+（参数）） + 文件
command +[options [parameter]] + File“Linux里面最远的距离是空格隔开的距离”
command命令名，相应功能的单词或者缩写。
options用来对命令进行控制，也可以省略。--help与-h一种是长格式，一种是短格式，本质相同。parameter:传给命令的参数，可以是零个，可以多个 File 要处理的文件名
[if !supportLists]2. [endif]文件夹与文件管理命令（pws;ls;cd;mkdir;touch;mv;rm;tar;ln）十个命令完成基本文件管理
按照场景去讲（讲命令的讲法，可以学习生信技能树卖萌哥老师的）：1.工作目录（pwd ls cd） 2.创建（mkdir touch） 3.操作文件（rm mv cp） 4.压缩（tar） 5.链接（ln）
[if !supportLists]2.1 [endif]pwd(我在哪); cd(我要去哪)； ls（这里有啥） cd /（进入根目录；~（波浪号）是家目录；/是根目录或者目录分隔符；..是上一层目录；）要有cd到一个新的地方，ls环顾四周的学习习惯。
[if !supportLists]2.2 [endif]Linux常用快捷键（大概十个）：Tab(补全，补齐时区分于R，注意下面包括地文件去搜（以目录的方式去补齐，效果相较而言比较好，如果有多个同样开头的，则需要你自身选择。快捷键复制即可（我用的是滚轮键））) ; Ctrl+U(剪切光标位置到行首的字符---直接删除一行，也可以直接复制一行)；Ctrl+Y（粘贴命令行剪切的内容）；Ctrl+C（终止任务） Ctrl+L:(清屏--其实是帮你拉到最下头了，并不是完全删除了)； Ctrl+E(回到行尾--传送门去改) ；Ctrl+A（回到行首）；Ctrl+W（剪切一个单词---剪切前后有空格空开）；Ctrl+Z（暂停内容）；Ctrl+K（剪切光标位置到行首的字符） 搜索Linux常用快捷键，掌握更多的快捷键，更愉快地使用Linux（快捷键决定效率，这一步一定要去做，并且记牢固，学会运用快捷键）。点开键盘与鼠标的编辑，里面含有大量的快捷键，自己可以学习，但注意你在Xshell用的快捷键，是在Xshell软件时能用的快捷键，而不是Linux系统的快捷键。
05 如何操作工作目录---cd、 ls
[if !supportLists]1. [endif]常见cd用法（路径/目录）
cd ..(上层)； cd ../..(上层的上层目录)； cd /（根目录）； cd /bin(（根目录下的bin，绝对路径） cd ~ =cd （两种进入家目录的方式，后一种是默认的）， cd -（返回上一次的工作目录，如果上面有5层，这样就一个cd -就可以到达）
[if !supportLists]2. [endif]ls 常见参数（ls -a（包括隐藏的文件也出来了，隐藏文件以.的形式出现）注意ls -lh与ls -l -h是一样的
;ls -l（列出目录的详细信息）；ls -h（看目录下各个文件的大小，注意用的方式是ls -lh）；ls -S(按照文件大小进行排序，注意用的是ls -lhS)；ls -t（按照大小排序，具体用法是ls -lht）;ls -R(递归目录列出文件，一层一层列下来)） 修改颜色在.bashrc中进行修改。
注意进入一个文件夹直接cd自身ls下的 文件夹就行，不需要/（分割符），一层一层进入即可，同ls的用法，自身就是根（只要用ls看的自身包含就可以），这一点犯傻了
有些陌生的概念：ls =ll ；ls ./*txt（列出当前目录下以txt结尾的文件，*是一种通配符，可以回到家目录试一下（cd）,若不是结尾，如搜file，则需要将通配符*后置，ls ./file*）；ls ../列出上层目录的文件。
创建文件夹（touch；mkdir）
* 匹配任意多个字符（0到正无穷） ？匹配最多一次（0次或者1次，其实其意思是0到一个字符，自身验证发现，貌似以一个问好只能是一个字符）ls file??.txt(两个问好则代表两个字符)
[if !supportLists]3. [endif]展开讲讲：文件夹与文件管理
前四行主要包括文件属性；文件个数；所有者；属组，后几行是文件大小，时间，文件名。（七行）
06如何建立新建文件及文件夹----mkdir、touch
1.创建一个文件/文件夹很容易，批量创建文件、文件夹呢？
那如果建个十层的文件夹，一层套一层如何构建呢？这时候就需要用到-p/--parents参数，--递归参数；递归创建目录。常用用法：mkdir [-p]目录名
必须加p这个递归参数，否则会报错。
tree命令绝了，可以展示文件层次，跟个思维导图似的(树的形状)，非常非常棒。
[if !supportLists]3. [endif]展开讲讲：命名文件/文件夹规则
a.文件名之间不能有空格，否则就是两个文件夹 b.要有意义，避免造成模糊的含义 c.命名法：建议使用驼峰法命名法（大小写交替）/蛇形法命名（-下划线分开）
4.tree:以树的结构展示文件目录结构
常用参数：
-L（level （层次）几级呈现，如-L1；最主要的一层以树状形式呈现，-L 2 最主要的两层）
-p （）
-u
-g
-s
-h
-D (自身可以查询中文版刚刚那个网址，看其每个参数具体的含义)
[if !supportLists]4. [endif]文件夹与文件管理touch:新建文件 touch file
07 如何操作文件以及文件夹 --mv、cp 、rm 、ln
[if !supportLists]1. [endif]场景3：文件搬搬搬 --移动和重命名都是mv、复制和删除
mv常见用法 移动（移动到哪个文件夹，哪个目录--这个到哪就表明要有相应的分隔符/）：重命名move file file1（代表重命名，只具有两个名字）
2.写点东西写进文件夹里用echo echo ”Hello”fiel.txt (把hello写进fiel.txt文件夹里去) cat file.txt（读取fiel文件）
3.那个>大于号是echo的导入符。注意，必不可少。echo “a”>B.txt（注意要在.txt文件中书写）
移动到目录，也比较相似
[if !supportLists]5. [endif]cp： copy and paste
常见参数：cp readme.txt ./biotrainee/readme（考A考到这了，readme可以改名但如果不填会保持原来的名字） (要分隔，必须指明位置，下图的示例用./进行了说明) cp readme.txt readme直接拷贝到当前目录
[if !supportLists]6. [endif]rm:remove
删除文件（rm fiel）-f强制删除 -i删前会询问用户 -r 递归删除文件夹 rm-rf（删除跑路，递归强删）rm -ri lj/（每一级都会问你，该不该删）
删除文件夹要用-r参数： rm -r lj/
6.1 touch fiel{1:5} touch fiel{1:5}注意连续构建五个文件夹是这个额
[if !supportLists]7. [endif]场景4：创建软连接
[if !supportLists]1. [endif]软链接----相当于Windows下的快捷方式 2.节约空间
注意其与cp的同与不同（因为多用户多线程---多用户可以公用一份原始文件，其它用软连接，不用copy，省空间快捷（类似方向指示牌））
2.硬链接 ----类似多开一扇门，多开一扇通道
ln : link不加参数为硬链接，加了为软链接，加上-s即为软链接，软链接的作用方式类似于快捷方式 （注意写软链接必须写绝对路径，写相对路径会失效）相对路径的写法上稍微存在一些疑问,好好练习下。
Ln -s TARGET DIRECTORY
这一节的题目稍微做一下
