100天生信-Day3

今天看到了洲更大神blast比对最优同源的方法（https://www.huaweicloud.com/articles/13536909.html），大受震撼，几乎完美解决我的需求（以前都是比对完再筛选）。
在此做个记录：

## 主要是添加-max_hsps 1 -num_alignments 1这个参数
blastp -query Ta.pep* -db At_prot_db -out Ta_At.blast -outfmt 6 -max_hsps 1 -num_alignments 1 -num_threads 10 > blast.log 2>&1 &

另外，比对20bp左右引物的时候经常比对不到，可以加参数：-task。
例如：

blastn -query qpcr_primer.txt -db Es_cds_db -outfmt 6 -evalue 1e-2 -out qpcr_primer_EsCDS.blast -num_threads 6 -task blastn > blast.log 2>&1 &