使用anaconda构建单细胞的分析环境

使用anaconda构建单细胞的分析环境

进行单细胞分析软件包的调研时,发现anaconda真是个好东西,使用anaconda可以轻松的创建不同的python环境R环境

conda create -n sc python=3.6 r=3.5

通过上述命令可以创建python版本3.6和R版本3.5的单细胞运行环境。

创建完成后,可以使用下命令进行激活sc环境

source activate sc/conda activate sc

source 命令一定会成功,而conda命令不一定会成功

如果想在sc环境下安装需要的包或软件,可以使用以下命令进行安装

conda install -n sc numpy pandas

上述命令即可完成在在sc环境下安装numpy和pandas包。

如果有的包在conda镜像内找不到,只能通过pip使用pypi下载,应该如何处理

pip将包下载到默认的包中,可以通过以下命令进行修改pip默认的安装路径

python -m site --help

可以找到

anaconda1.png

可以修改site.py内的默认安装路径,如下图


anaconda2.png

通过这样的方式,以后使用pip命令安装的包会全部安装到上述的USER_SITE中。

这样的话,也就完全创建了独立于集群默认环境下的单细胞的分析环境。

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