前期软件准备
一、R的安装
依据自己的系统安装对应版本的R，我用的是windows系统。
R安装包镜像网站：The Comprehensive R Archive Network (tsinghua.edu.cn)（清华大学）
图1 R的下载
如图一所示，按照序号逐步点击，我的电脑上R许久没用了，重新下载了一遍。
下载好后按照提示进行逐步操作，可选择自定义安装将位置选在自己想要的地方，但是注意路径中一定不能存在中文。
二、Rstudio的安装
Rstudio安装包下载地址：Download RStudio | The Popular Open-Source IDE from Posit我们可以选择免费版本
图2 Rstudio的下载
三、IRscope源代码的下载
1.在github上下载好IRscope的源代码，具体地址：https://github.com/AmiryousefiLab/IRscope
图3源代码下载
2.如图所示，下载code处的压缩包，最好将压缩包放到一个特定的文件夹后进行解压缩
3.点击解压缩后的IRscopeV0.1.R文件，选择用Rstudio打开，打开后如图所示
图4
此时还不能直接运行IRscope,需要下载"seqinr","ape","shape","diagram","reutils","snow","snowfall","knitr","shiny","jpeg"几个依赖包，代码如下
install.packages(c("seqinr","ape","shape","diagram","reutils","snow","snowfall","knitr","shiny","jpeg"))
此外，还需要注释掉以下几行代码，否则会出现以下错误
Listening on http://127.0.0.1:4459
Warning in file(con, "r") :
无法打开文件'dogma.txt': No such file or directory
Warning: Error in file: 无法打开链结
40: file
39: readLines
38: server [D:/share/Dvpmz96A63ec8f242bd31/IRscope-main/IRscopeV0.1.R#2891]
1: runApp
Error in file(con, "r") : 无法打开链结
我们需要注释掉以下几行代码，然后就可以正常运行了。
2891 #doog <- readLines("dogma.txt")
2902 #pic1 <- readJPEG("IR1.jpg")
2903 #pic2 <- readJPEG("IRprevioustest.jpg")
2926 #data <- readLines("IRscope.R")
完成后需要检查R包是否下载成功，将光标移到library(seqinr)后，ctrl+enter,成功则不会报错，其他包检查方法一样，若没成功再下载一遍。
4.运行IRscope
一切准备就绪后点击Rstudio右上角的Run App按钮，开始运行，如图所示
图5 本地化的IRscope
