1.TCGAbiolinks +GDCRNAtools工具联合使用
query2 = GDCquery(project = "TCGA-LAML", data.category = "Clinical")
GDCdownload(query2)

image.png

每一个文件夹下面为一个xml文件
setwd("G:/AML/临床信息/LAML_clinicalMatrix/GDCdata/TCGA-LAML/harmonized/Clinical/Clinical_Supplement")
length(list.files())

新建一个文件夹，命名为“00_data_read_in_one_file”，为什么这么命名，是因为需要将我的新建文件位于第一位

length(dir())
dir()[1]

接着我们需要把其他所有文件甲内容转移到一个文件夹里面去

for(dirname in dir()[2:length(dir())] )
{
file<-list.files(dirname,pattern = "*.xml")
file.copy(paste0(dirname,"/",file),"00_data_read_in_one_file")
}

library(GDCRNATools)
clinicalDa <- gdcClinicalMerge(path = '00_data_read_in_one_file/', key.info = TRUE)

2.使用Xena工具

https://xena.ucsc.edu/

image.png

image.png

image.png

image.png

image.png

image.png