写在前面
今天休息了一天，大体学了一下一直有想法学，但是没时间学的东西。结果就是，太难了。时间有限，还是放下。但今天还剩下三个多小时，总得做点啥。看看，似乎今天没写啥推文。于是，翻了翻技能易物群，发现最近不少人，希望使用「TBtools」进行基因差异表达分析。
很多时候，遇到的其实就只是一个简单的软件安装问题。于是，干脆花点时间，整理一个相对详尽，且对完全新手友好的教程。
主要步骤
「TBtools」本身是无法进行差异表达分析的，不仅「TBtools」，目前几乎所有做基因或者其他特征的差异表达分析，都是调用「R」语言。所以在这块上，「TBtools」也一样。于是安装配置上，有以下几个步骤：
- 安装「TBtools」Rserver 插件，注意到，Windows 和 MacOS 同样；
- 安装「DESeq2」插件，如果你的网络非常好，那么完成这一步之后，可以跳过第3. 和 4. 步；但绝大多数人，还是老老实实一步一步来吧；
- 安装 「R Plugin Install Helper」；
- 注入「DESeq2.MetaPackageR」；
- 开展基因差异表达分析；
下述，会对每一个进行详细展开。
1. 安装「Rserver」插件
事实上，「TBtools」中有很多很多 R 插件，其中大部分是用户老铁们开发，而非我开发。这些插件的使用前提是，用户安装了「Rserver」插件。
如果安装？打开「TBtools」，切换到「Plugin Store」。
打开「Plugin Store」后，找到「Rserver」插件，点击安装
点击确定之后，会跳转到下载网页，直接下载即可
下载后，直接从「TBtools」的「Install Plugin」开始安装插件
在弹出的文本对话框，选择前述下载的「Rserver.plugin」
点击「打开」，随后等待安装结束，会自动弹窗。
至此，「Rserver」插件安装完成。逻辑上，在网络良好的地方，你可以快乐的使用所有「TBtools」的「R」插件。
2. 安装「DESeq2」插件
同样，打开「Plugin Store」或者「Plugin Store at High Speed」，找到「DESeq2」插件。
PS：「Plugin Store at High Speed」本身也是一个插件，可以通过「Plugin Store」安装，安装完成后可以用于高速安装其他插件，所以他是一个安装插件的插件。
点击开始安装即可。
3. 安装 「R Plugin Install Helper」
Emmm，逻辑上，如果你的网络非常好，那么可以跳过这一步....但我觉得这个可能性很小。对于 DESeq2 等 R 语言程序，本身依赖大量 R 包。相关依赖，可以借助「R Plugin Install Helper」来注入。
安装这个插件，同样简单。同样在「Plugin Store」或「Plugin Store at High Speed」，找到对应插件即可。
4. 注入「DESeq2.MetaPackageR」
注意到，此处写的是注入，因为他本身其实是完成 R 环境的配置...而非对「TBtools」或者插件进行任何改变。注入方式简单。
a) 首先，下载 DESeq2.MetaPackageR，这个需要在「TBtools 大型插件仓库」高速通道下载，
https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i/ghaxyl
下翻到你的操作系统对应的版本
我用的 Windows，于是使用第一个。复制链接，跳转下载
下载完成后，打开「R Plugin Install Helper」
设置「DESeq2.Win64.MetaPluginR」为输入文件，如下
点击 Start 之后，等待即可。目前没有遇到过这一步操作还会出现问题的。等他完成了，弹窗提示就可以了。
5. 开展基因差异表达分析
首先，打开「DESeq2」插件
界面看起来有几个输入，其实很简单
对于新手，最好直接点击「Demo Data」
具体格式，建议使用文本编辑器或Excel打开示例文件查看，并做对应准备。具体使用就是丢文件进去即可。
非常简单，按照上述设置文件，点击 Start 即可。完成后可以在工作目录，看到输出文件。
写在最后
不伺候了，写个教程，一个小时就没了。简单来说，「TBtools」中相对常用的插件，都可以通过类似的方式解决，至于 MetaPackage，直接到「TBtools用户手册」找到链接即可。
