如果实验设计已做好，并含有多个组学，只需样本一致即可（最好同时同地同批次）。尤其是转录-蛋白关联，样本要一一对应。对于代谢和微生物组，样本可以不一致。
如果先做完某个组学，想用另一个组学验证。最好相同条件取样。
如果实验设计未定，不知选择哪几个组学。一是结合研究目的、经济成本、取样难度等选择组学；二是可先做下游组学（蛋白组和代谢组），看差异分子，因为接近表型变化，容易解释。再做上游组学做验证和调控机理研究。
多组学分析时的顺序也可按此方法进行，组学至上而下研究存在级联反应，越到下游越容易筛选到的有意义的差异分子。
个人经验，不当请指正。
