康熙执政时，来自北方和西北等边疆少数民族地区的挑战与威胁是个很大的问题。
其中尤以蒙古人威胁最大（漠北喀尔喀蒙古、漠南察哈尔蒙古、漠西厄鲁特蒙古三大部），这是元朝覆灭后残留的力量，他们也怀揣着重建和统一汗国的梦想。
公元1636年，漠南蒙古十六部四十九位王公齐聚盛京沈阳，尊奉皇太极为蒙古可汗，并奉上博格达彻辰汗尊号，此后，在逐鹿中原和统一全国的进程中，蒙古都发挥了重要作用。公元1638年之后，喀尔喀还开始向清进九白之贡，即一只白驼，八匹白马，喀尔喀也在名义上成为清廷的臣属。
蒙古内部也有汗位的争夺，这就得提及厄鲁特蒙古部。厄鲁特部蒙古分为和硕特部、杜尔伯特、土尔扈特部、准噶尔部。康熙时期，噶尔丹是其中准噶尔部的首领，这个人梦想成为蒙古的霸主。
康熙初年的时候，清廷忙于平息以吴三桂为首的三藩叛乱，已经没有力量去控制西部边疆，对蒙古诸部和西藏地区采取安抚、怀柔政策，噶尔丹也借此机会发展壮大起来。同时他还和沙俄进行联合，当时正值清朝和俄罗斯签订《尼布楚条约》，确定中国与俄罗斯在东北方向的正式的按现代意义的边界线。俄国想用噶尔丹这股政治力量，作为牵制康熙的一个筹码，希望在《尼布楚条约》的签订过程中，能够达到更好的效果。
康熙帝所生活的年代，正逢西方列强崛起，清朝北面和东面后来的两大强敌，沙皇俄国和武士道盛行的日本，一个羽翼尚未丰满、但扩张领土的野心已经勃发 ，另一个仍很落后，却喜欢率意妄动。
康熙27年，也就是公元1688年，正当喀尔喀蒙古的抗俄斗争进入高潮，准噶尔部的噶尔丹在沙俄侵略军头子戈洛文的挑唆和支持下，率三万人马侵入喀尔喀地区，喀尔喀各部惨败，南下归附了清廷，噶尔丹又以追逐喀尔喀蒙古为名，进犯当时已为清廷所统一的乌珠穆沁地区，两年后，噶尔丹又侵入乌尔会河以东的欺辱乌兰地区，也就是今天内蒙古中部乌拉盖草原一带，同清军发生了第一次激战。清军惨败。噶尔丹甚至向康熙帝提出：圣上君南方，我掌北方的独霸蒙古言论。
为了维护国家统一，安宁边疆，康熙出征攻打噶尔丹，在乌兰布通双方展开激战。虽然没有将噶尔丹剿灭。但是喀尔喀蒙古正式归附朝廷。公元1691年在多伦诺尔举行仪式进行会盟，正式宣布漠北喀尔喀蒙古为清朝的一部分。
多伦诺尔会盟五年后，公元1696年二月三十日，康熙帝率京师八旗兵及火器营共三万余人再次出征噶尔丹，噶尔丹大败，史称昭莫多之战。到了康熙三十六年，噶尔丹身亡，清廷平定噶尔丹。
噶尔丹被平定之后，准噶尔部新首领策妄阿拉布坦趁青藏各派势力冲突，发动了对西藏的武力征服。后来清军将其清理出去，这也为清朝的进一步控制西藏，确立清朝在西藏的管理体制上开了个好头。
公元1722年，六十九岁的康熙帝因病去世，这位南征北战，也为治理社稷江山而奔劳一生的皇帝，为清朝开启了大治的时代，也基本奠定了一个统一国家的雏形，这一年，四十五岁的雍正皇帝登基，他在位十三年，然而刚刚即为的雍正皇帝却面临着西藏分裂的挑战，就在清军驱逐策旺阿拉布坦的过程中，和硕特亲王罗卜藏丹精以及青海和硕特各部首领曾随清军入藏，出了不少力，清廷为表彰他们的功劳，分别给予赏赐，并重新进行了人事安排，但早就想独霸青海、西藏之地的罗卜藏丹津对清廷的安排大为不满。
罗卜藏丹津于雍正元年发动的反清武装叛乱，正式宣布要恢复先人的霸业，即据占西藏，遥控青海，刚刚登上皇帝宝座不久的雍正帝希望罗卜藏丹津能罢兵和睦，但罗卜藏丹津根本不听劝告，清廷的反应迅速而强烈，雍正二年二月，雍正帝任命年庚尧为抚远大将军，从西宁急行军，夜袭罗卜藏丹津，还在酣睡当中的罗卜藏丹津慌乱中换上女人的衣服，投奔准噶尔汗国，仅用十五天的时间，清军便把面积六十万平方公里的土地纳入到管辖之下，解决了青藏地区的问题后，雍正帝又把视线转向准噶尔部。
雍正五年，策旺阿拉布坦去世，其子噶尔丹策凌继立，雍正七年，清廷决定两路进军西北，以解决准噶尔部的威胁，一直到雍正十一年冬，元气大伤的噶尔丹策凌向清廷求和，雍正帝决定议和，希望准噶尔和喀尔喀两部的游牧界限明确划分，永息兵戈，准噶尔汗国的存在，客观上使得清朝西部疆域保持了完整。
公元1735年，雍正帝去世，其子弘历继位，年号乾隆。乾隆时代，中国的疆域，已经逐渐地的疆域巩固了，奠定了中国疆域的版图。
公元1745年，乾隆执政第十年，一直没有剿灭的噶尔丹策凌病逝，达瓦齐成为准噶尔部首领，1754年，策妄阿拉布坦的外孙阿穆尔萨纳被达瓦齐击败后，率兵投降了清朝。
公元1755年，自立为汉的达瓦齐最终被清军俘获。但原本归顺清廷的阿穆尔萨纳因为清廷请求当准噶尔四部总汗的愿望未获应允，于是举兵叛清，结果被清廷打得只能逃亡俄国。不久患天花病死。至此，自康熙年间以来为患西北、屡向清廷挑战，长达近七十年的准噶尔部，最终被评定，纳入国家版图，从秦始皇以来的两千多年，游牧民族南扰中原农耕民族的难题终于获得解决。
到乾隆中期，新疆问题也完全解决了，完全归附到清朝的管辖之下。经过几代长期努力，整个西部边疆地区终于与内地形成一个统一的不可分离的整体，此外，康熙帝收复了宝岛台湾，一些列的军事行动，尽管花掉了年均国库财政总收入的百分之六七十，但对促进边疆的巩固，国家的统一发挥了重要作用，在康乾盛世的光阴里，从瓜果飘香的南疆，到蓝天白云的西藏，都吹拂着统一与和平的猎猎长风。
经过测量，当时的清朝疆域西起巴尔喀什湖以东以南和帕米尔高原，东到大海，北抵外兴安岭至鄂霍次克海，南至南沙群岛，陆地总面积达一千三百多万平方公里，一个幅员广阔、人口众多、民族的统一国家，岿然屹立在世界的东方。
