1.打开含基因ID的原始文件——引物设计原始DNA信息2.选中Gene id中的所有基因名称,复制
3.打开Tbtools,依次选择Sequence Toolkits;Fasta tools;Fasta Extractor4.将gene id粘贴到对应位置,并按上图所示将“小麦cDNA库”拖到第一个框,在第二个框设置输出文件(例子中的输出文件名为out.fa)5.点开始提取序列
6.打开primer6软件,点文件夹+导入输出文件out.fa,拖拽选中前10个文件进行引物设计(软件最多可同时设计10个引物)7.点 红蓝箭头设计引物,修改PrimerParameters如图,点Search,选取6图左侧框中的任一引物,接第8步
8.点All Primers… ,会出现上图,选取其中Rating(看综合评分即黑色评分)较高,且Lenth bp中蓝红数字在10以上,30以内(最好是10-20之间),黑色数字在100-200之间(最高不超过300)的引物。9.选完以后,单机该引物一栏,待该栏变蓝色后,点Replace即可将该引物设置为最佳引物
10.设计完引物后即可将结果输出,输出可分两种,一种是只要最佳引物序列(给公司发邮件时可以用),另一种是输出所有引物的信息,点击File出现10图所示界面,点Export Primer Result,出现10-1图,安照10-1图所示设置参数(可自行设置输出文件名)即得到最佳引物序列,安照10-2图所示设置参数即得到所有引物的信息(作业所需为两个表格)
因为网站显示不全,所以我把详细教程做了一个PPT,还把对应的软件放在了一个压缩包里,大家可以自行下载查阅
链接:https://pan.baidu.com/s/1HyoRyPT6N7SxYgU1pPaR2Q
提取码:g0q8
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