为识别变异的潜在靶基因，IFmut利用 Hi-C 数据在所有样本中注释了拓扑关联域（TAD）和染色质环（loop）结构。若变异与基因位于同一 TAD 或分别位于loop 两端anchor上，则可能存在功能性相互作用。考虑到染色质 loop 提供更高的空间分辨率，我们在结果判定中优先考虑位于loop anchor上的基因。对于未被三维基因组结构覆盖的变异位点，则采用基于邻近距离的方法，将其关联至最近的功能基因。
IFmut中3D Genome与Gene模块与变异的靶基因鉴定相关。
一、3D Genome模块
基于各物种不同组织的 Hi-C 数据，并分别以 25kb 和 40kb 的分辨率识别 loop 和 TAD 信息。
Step1: 选择物种（马和鹅缺少Hi-C数据无法选取）
Step2: 检索基因组变异
该部分将提供基因组变异的ID、突变情况及类别，所在的TAD或loop的染色质结构位置，以及TAD/loop鉴定所使用的Hi-C数据所对应的组织来源。
Step3: JBrowse可视化
对于变异所在的TAD/loop可以通过JBrowse可视化对应的Hi-C数据，也可查看对应区域内其他数据的信号分布。
1、通过点击变异的TAD/loop链接打开JBrowse可视化工具，在右侧“Available tracks”中选择感兴趣的数据track（Hi-C数据为.hic文件）。
2、以Hi-C数据为例，在track label的设置处，可以通过“Resolution”去调节Hi-C数据可视化的分辨率，支持50kb, 40kb, 25kb, 10kb, 5kb以及1kb分辨率下的可视化，下图为5kb到20kb不同分辨率下的展示：
3、其他数据的可视化（如H3K27ac ChIP-seq，ATAC-seq数据），在 “Available tracks”中选择track，通过track label的设置处，对track的Scale，color，range等进行设置（与IGV使用基本一样）。
二、Gene模块
Step1: 选择物种
Step2: 检索感兴趣的基因组变异
该部分将提供基因组变异的ID、位置信息，预测的靶基因的ID，name，基因类型及预测的依据。
