bedGraph使用注意事项

生成时，bam文件应该先排序

#bam文件生成应该用samtools sort
bedtools genomecov -ibam bam/SRR3033154.bam  -bg > bam/SRR3033154.bedgraph

按理说bedgraph已经生成，但上传带UCSC却不对

仍然是bed格式

在文件开头标注格式

上传后

用lunix标注

#  -i表示修改原文件
sed -i '1i\track type=bedGraph name=SRR3033154' bam/SRR3033154.bedgraph

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