在使用soremerna时，遇到了一个有点头疼的问题，在soremerna数据比对和过滤时都畅通无阻，但是在写入时候直接报错，进而导致整个进程停止
以下是报错信息
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报错代码
invalid combination of output options: rule '1both 1-file and 2-files specified' violated
这是我的输入代码
sortmerna --index 0 --threads 8 /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-16s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-16s-id90.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-18s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-28s-id98.fasta /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374921_trimmed.fq.gz /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374922_trimmed.fq.gz /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374923_trimmed.fq.gz /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374924_trimmed.fq.gz /
--workdir /home/ergou/Desktop/rna-seq/tools/sortmerna/sortmerna_run/ --fastx --log --aligned aligned_rRNA/ --other clean_rna/
因为我的测试数据有四个，即SRR1374921_trimmed.fq.gz、SRR1374922_trimmed.fq.gz、SRR1374923_trimmed.fq.gz、SRR1374924_trimmed.fq.gz 在参照网上的教程时发现有许多都是直接用--reads将数据全部列入。但是我忽略了一点，这些教程的数据都是双端测序数据，而我的是单端测序数据，因此在写入报告时soremerna无法识别到我的数据是能够配对的数据，因此直接报错了
解决方法：
分四次将数据输入：每次只使用一次reads，改变--reads后的对象将数据分四次输入
sortmerna --index 0 --threads 8
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-16s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-16s-id90.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-18s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-28s-id98.fasta /
--reads /home/ergou/Desktop/rna-seq/output/Quality_control/trim_galore/SRR1374921_trimmed.fq.gz
--aligned aligned_rRNA/ --other clean_rna/ --workdir /home/ergou/Desktop/rna-seq/tools/sortmerna/sortmerna_run/ --fastx --log
使用shell脚本：
原理也是将数据分四次输入，不过它会自动执行
for ((i=22;i<=23;i++));do sortmerna --index 0 --threads 8 /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-16s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-16s-id90.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-18s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-28s-id98.fasta /
--reads /home/ergou/Desktop/rna-seq/output/Quality_control/trim_galore/SRR1374${i}_trimmed.fq.gz
--aligned aligned_rRNA/ --other clean_rna/ --workdir /home/ergou/Desktop/rna-seq/tools/sortmerna/sortmerna_run/ --fastx --log
;done
