R packages

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什么是R包?

包(Packages)是函数、数据和代码的集合,以一种漂亮、完整的格式方便地提供给您。在撰写本文时,有超过14,300个包可供下载——每个包都有自己的专用函数和代码,都有不同的目的。要真正深入地了解R包(它们是什么?如何开发它们?),请参阅Hadley Wickham的书,《R包》。

正是包使得R语言如此独特。R不仅有一些很好的功能,而且这些包极大地扩展了它的功能。也许最特别的是,每个包都是由R社区开发和发布的,并存储在存储库中(Repositories)。

有三个大的存储库:

CRAN: R主要的存储库

BioConductor: 主要用于生信分析的包

Github: 开源,非R特定的

CRAN

BioConductor

Github

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寻找合适的R包

首先,CRAN根据功能/主题将所有包分组为35个主题。它称之为任务视图。这至少允许您缩小您可以浏览的包,以找到与您的兴趣相关的主题。

其次,还有一个很棒的网站RDocumentation,它是一个搜索引擎,搜索来自CRAN、BioConductor和GitHub(即三大存储库)的软件包和功能。如果你有一个任务,这是一个很好的方法来搜索特定的包来帮助你完成这个任务!它还有一个类似CRAN的任务视图,允许您浏览主题。

最后,我们可能只是代码的搬运工,不需要这个 

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包的安装

1. 从CRAN安装包

如果从CRAN存储库安装,请使用install.packages()函数,在括号之间的引号中加上要安装的包的名称(注意:可以使用单引号或双引)。

2.从BioConductor安装包

3. 从GitHub安装包

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包的分离和卸载

1. 有时你想在脚本中间分离一个包——你已经加载的包可能不能很好地与你想使用的另一个包运行。要分离给定的包,可以使用detach()函数。例如detach("package:ggplot2", unload=TRUE)。在RStudio界面中,在Packages选项卡中,您可以通过取消勾选包名旁边的复选框来卸载一个包。

2. 如果不再希望安装一个包,可以使用函数remove.packages()卸载它。例如remove.packages(“ggplot2”)。在RStudio界面中,在Packages选项卡中,单击packages行末尾的X将卸载该包。

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