Bioinformatics programming using python (2010, O’Reilly): O’Reilly出版,经典,只看前7章就可以
Programming Collective Intelligence (Toby Segaran, O’Reilly): 有意思的机器学习类书籍,基于Python
《生物信息学中的计算机技术》(2002年出版)
内容涵盖Linux系统使用,生物序列分析、基因和基因家族鉴定,系统发育和数据库建设、自动化、可视化等内容
后来的两本书有《Beginning Perl for Bioinformatics》(2001年出版),《Beginning Python for Bioinformatics》(2002年出版),
最近这几年出版的书,对常用的高通量测序、蛋白质组学和代谢组学等都有涉及,还是有一些挺不错的,比如 Clinical Applications for Next-Generation Sequencing (2016)和Next-Generation Sequencing Data Analysis (2016),Bioinformatics_and_Functional_Genomics_3rd_edition (2015)都可作为参考读物,用到什么地方去读什么地方。
Clinical Applications for Next-Generation Sequencing (2016): 开始是关于NGS技术的原理、优缺点、应用的详细描述,后面分不同类型的疾病概述NGS的研究进展和存在的问题。
Next-Generation Sequencing Data Analysis: 涉及分子生物学基本知识,NGS概述、测序原理及注意事项、NGS共有分析步骤及软硬件要求;转录组,小RNA,全基因组、表观和基因组组装等的原理、实验设计、分析内容和用到的工具。
Bioinformatics_and_Functional_Genomics: 大百科,序列比对,数据库使用,系统进化,到芯片,NGS,蛋白结构、蛋白组,疾病;有原理,有代码。