PMID: 33839701
发表杂志：Aging (Albany NY)
知识点
- IFN-γ: Interferon-gamma,干扰素-γ。
背景
在细胞因子如IL-2、IL-12等的诱导下，干扰素-γ绝大多数由CD4+T细胞、CD8+T细胞、NK细胞，少部分由B细胞和APC产生。主要功能包括免疫调节、抗病毒等，也可对自身免疫产生抑制性调节或发挥抗肿瘤作用。
摘要
首先从GSEA下载HALLMARK_INTERFERON_GAMMA_RESPONSE的200个基因列表，并进行unicox筛选得到24个基因。针对24个基因分析其表达、突变、相关性及蛋白互作，且根据24个基因能将LUAD分为两个亚型，亚型与预后关系显著。随后，根据24个基因表达情况，通过LASSO回归构建预后模型，并在GSE72094中验证。最后进行模型周边分析，a.差异分析; b.GSVA富集分析; c.免疫细胞浸润; d.免疫检查点分析。
整体思路
结果
1. IFN-γ相关基因mRNA和基因突变
Fig.1
2.PPI+相关性分析
Fig.2
3.一致性聚类
针对24个预后相关基因进行聚类，并进行预后分析，再次说明基因的重要性。
Fig.3
4.模型构建及验证
Fig.4
Fig.6
Fig.7
5.模型周边分析
Fig.8
Fig.9
Fig.S8
总结
本文从IFN-γ反应相关基因出发，先进行预后分析，再针对预后显著基因常规表达、预后、模型构建及周边分析。个人感觉比较出彩的地方是，a.IFN-γ相关基因这个出发点比较好，b.最后进行模型周边分析，免疫7 metagenes，免疫检查点，免疫细胞浸润分析。
