知识点

• IFN-γ: Interferon-gamma,干扰素-γ。

背景

在细胞因子如IL-2、IL-12等的诱导下，干扰素-γ绝大多数由CD4⁺T细胞、CD8⁺T细胞、NK细胞，少部分由B细胞和APC产生。主要功能包括免疫调节、抗病毒等，也可对自身免疫产生抑制性调节或发挥抗肿瘤作用。

摘要

首先从GSEA下载HALLMARK_INTERFERON_GAMMA_RESPONSE的200个基因列表，并进行unicox筛选得到24个基因。针对24个基因分析其表达、突变、相关性及蛋白互作，且根据24个基因能将LUAD分为两个亚型，亚型与预后关系显著。随后，根据24个基因表达情况，通过LASSO回归构建预后模型，并在GSE72094中验证。最后进行模型周边分析，a.差异分析; b.GSVA富集分析; c.免疫细胞浸润; d.免疫检查点分析。

整体思路

结果

1. IFN-γ相关基因mRNA和基因突变

Fig.1

2.PPI+相关性分析

Fig.2

3.一致性聚类

针对24个预后相关基因进行聚类，并进行预后分析，再次说明基因的重要性。

Fig.3

4.模型构建及验证

Fig.4

Fig.6

Fig.7

5.模型周边分析

Fig.8

Fig.9

Fig.S8

总结

本文从IFN-γ反应相关基因出发，先进行预后分析，再针对预后显著基因常规表达、预后、模型构建及周边分析。个人感觉比较出彩的地方是，a.IFN-γ相关基因这个出发点比较好，b.最后进行模型周边分析，免疫7 metagenes，免疫检查点，免疫细胞浸润分析。

参考链接：
Seven interferon gamma response genes serve as a prognostic risk signature that correlates with immune infiltration in lung adenocarcinoma