国立西南联合大学时期（1937-1946）
1937年7月7日，卢沟桥事变爆发。7月底，日军先后占领北平、天津。9月，北京大学奉南京国民政府令南迁至湖南长沙，与国立清华大学、天津的私立南开大学组成国立长沙临时大学。
国立西南联合大学校门
1938年临时大学前往昆明，4月2日更名为国立西南联合大学。全校设文、理、法商、工、师范五个学院，26个系。1938年5月4日，西南联大正式上课，次年5月北大研究院在昆明恢复并开始招生，研究生学籍分属三校。
西南联合大学办学条件十分艰苦，校舍紧缺、缺少仪器、资金不足。部分师生不得不兼职以维持生计。尽管条件艰苦，西南联大办学九年间本专科、研究生毕业3882人，在校生共8000人左右，培养出了很多优秀人才，其中90人后来成为中 国科学院、中 国工程院院士（含外籍院士），6人获“两弹一星功勋奖章”（获奖章者共23人），3人获中 华人民共和国国家最高科学技术奖，李政道、杨振宁获诺贝尔物理学奖。1945年8月，日本战败。由于交通条件困难、三校原有校舍有待修缮，西南联大继续办学一年。1946年5月4日，西南联合大学举办结业典礼，联大宣告结束。
