1.46版本phyloseq   熟悉微生物群落生态分析的大概率都会用过phyloseq包，昨天处理数据的时候，发现主函数的一个比较有意思的地方...

1. 从多因子设计实验说起 包含假设检验的设计实验（structured experiment）对生态学至关重要，这种实验通常包含复杂的、多因子...

高通量测序获得的微生物群落数据通常具有2个重要特征：稀疏化（sparse）和成分性（compositional nature）。前者即矩阵中存在...

1. 起源——checkerboard distribution 在一项关于新几内亚岛（New Guinea）及其周边岛屿的鸟类群落的研究中，D...

1. 报错：导出pdf不包含页面 R自带plot()函数的作图思路与ggplot2一样，都是叠加图层，最终成图。但是，在最后导出环节不一样。gg...

本文主要介绍通过effect size来展示实验处理或控制因子对一些实验指标的影响。这种effect size，不管是实际差值（raw mean...

1）排序图添加环境梯度等值线 主要用到vegan包的ordisurf函数，主要思路是： 将样点携带的环境因子信息构建样条曲线（splines） ...