发简信
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单细胞转录组学分析确定了人类个体发育过程中红细胞前体中的免疫倾向群体Single-cell transcriptomic analysis identifies an immune-prone populatio...
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非模式物种的RNA速率分析（二）
loom文件生成后就是Seurat结果和loom文件的整合了可以分为在R中Seurat提取分组及坐标信息，以及python中整合loom文本和S...
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非模式物种的RNA速率分析（一）非模式物种真的到处都是bug, 每次出bug我都觉得自己学艺不精，当然也的的确确是学艺不精。记录一下RNA速率分析踩过的各种大坑。 RNA速率分...
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模式物种和非模式物种名称的替换
之前通过Orthofinder进行了直系同源物种的比较生成了一个草鱼和人类的同源性比较高的基因的表。现在需要把草鱼单细胞表达矩阵中草鱼的基因替换...
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跨物种直系同源基因比对这里还是以草鱼和人类比较 1. Orthofinder 是看了一篇2021在NC上发表的11个非模式物种单细胞图谱，其中涉及到跨物种的一个比对方...
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一些R语言的基本概念
R中比较难重点但复杂的几个函数 示例数据 ①match匹配两个向量，返回第二个向量在第一个向量匹配位置的下标志 ②%in%x%in%y: 判断x...
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非模式物种单细胞转录组GSEA分析
2022年第一愿：愿天下非模式物种都有数据库~ 参考 https://cloud.tencent.com/developer/article/1...
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数据框1. 数据框的属性 nrow行，rownames()行名ncol列, colnames()列名 2. 数据框取子集 ① 数据框$列名 按列取子集...
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函数、参数和文件保存与读取
函数 ①形式参数和实际参数：Seq(from=3, to=21, by=3)seq是函数，括号内的英文是形式参数，数字是实际参数。②写函数的函数...