欢迎关注”生信修炼手册”! MEME是一个motif分析的工具箱，提供了多种相关工具，网址如下 http://meme-suite.org/in...
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MEME:motif分析的综合性工具
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高通量测序数据处理学习记录（四）：DeepTools学习笔记前言 开题啦，所以需要整合自己之前处理过的数据包括可视化作图，在GALAXY上翻到DeepTools正好有着一点用处，适当的搞了一波事情，顺带记...
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第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
由于基因表达调控机制的复杂性，多种组学数据的整合分析，从不同的层面探究生物问题越来越重要。从RNA-Seq层面，我们可以探究哪些基因具有显著差异...
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ChIP-seq基础入门理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 ...
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如何使用MACS进行peak callingMACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 这是MACS2的主要功能，因为MACS2的目的就是找peak，其他功能...
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R-loop数据分析之R-ChIP(样本间BAM比较和可视化)样本间相关性评估 上一步得到各个样本的BAM文件之后，就可以在全基因组范围上看看这几个样本之间是否有差异。也就是先将基因组分成N个区间，然后用统...
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如何使用ChromHMM鉴定染色质状态趁着零碎的时间整理了下ChromHMM的相关内容。 ChromHMM是基于ChIP-seq组蛋白数据检测染色质状态的工具。 基因组区域特定的组蛋...
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ChIP-seq分析的数据标准
以下罗列了ChIP-seq数据分析中的ENCODE标准，针对不同的免疫共沉淀类型有不同的标准，以下从组蛋白和转录因子2个方向介绍： 一、组蛋白 ...
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deeptools可视化ref1：deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化 | 生信菜鸟团 ref2：如何使用deeptools处理BAM数据 - 生信技...
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第2篇：原始数据的质控、比对和过滤这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。 ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如...
专题公告
本人学习专用专题
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