0.准备输入数据 可以是矩阵 行是一边，列是一边，矩阵正文的数字表示连接的强度。 可以是tidy数据框 一行是一个连接关系，第一列和第二列是要连...
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弦图，管他中不中用，反正高大上 -
想自己搭建服务器，永久运行网站？一个 U 盘大小的树莓派就够了！
No.1 前言 由于本人在这段时候，看到了一个叫做树莓派的东东，初步了解之后觉得很有意思，于是想把整个过程记录下来。 No.2 树莓派是什么？ ...
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使用IGV简单绘制甲基化分布图废话不多说，直接简单粗暴的开始吧 导入基因组 导入基因组文件：Genomes→load geome from file→选择"reference...
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群体结构——PCA分析概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也称主分量分析，旨在利用降维的思想，把多指标转...
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计算bam文件中比对上基因组的reads以及合并多个bam文件
参考文章：1.如何统计BAM文件中的reads数2.Samtools常用命令的总结 当你有很多个bam文件时，想知道这些bam文件里有多少个比对...
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CNV拷贝数变异分析（GISTIC、maftools）CNV拷贝数变异分析是什么？贴一段TCGA官网的介绍 "The copy number variation (CNV) pipeline use...
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序列比对后计算变异位点，有效位点，核苷酸多样性variable sites informative sites nucleotide diversity 信息位点的定义：在两个及以上分类单元...
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读文章重复结果：使用DnaSp软件计算核苷酸多态性Pi(nucleotide diversity)
叶绿体基因组的文章中通常会有一小部分内容是运用DnaSp软件来进行核苷酸多态性π分析，断断续续看了也好长时间了，今天终于重复出了结果，简单记录自...
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根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果参考 收集vcftools所有用法 命令 100000 是指定窗口长度--out 是输出文件的前缀 使用R语言中的circlize包画图 参考 ...
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全基因组关联分析（GWAS）学习笔记——3.1参考资料 https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial/ 全基因组关联分析学习资料（GWAS tutoria...
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