本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：...

我们提出了一个稍微修改的工作流程，用于整合 scRNA-seq 数据集。我们不再使用（"CCA"） 来识别锚点，而是使用互惠 PCA （"RPC...

摘要：对Nature Methods上发表的文章Single-cell landscape of bronchoalveolar immune ...

Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Reveals Immune Cell Signa...

Title：Mapping Alzheimer's Disease Variants to Their Target Genes Using C...

ORA富集分析只需要提供差异基因列表，GSEA富集分析还需要提供对应差异倍数信息。但二者都是基于差异分析得到的结果。Gene set varia...

T 细胞（全部）：CD3+ Naive T cell: CD3, CD4, CCR7, CD62L+, IL-7R (CD127), THPOK...

我们这次直接拿GSE118390上已经normalized 的数据进行下游分析。首先我们先看看文献的这张复杂热图，哈哈，这张热图画得真是好看。左...

目的：用GSVA分析单细胞转录组数据 基因集变异分析（GSVA）是一种非参数，无监督的方法，用于通过表达数据集的样本估算基因集富集的差异，即基于...

单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很...