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学习WES数据分析流程
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全基因组关联分析学习资料（GWAS tutorial）
前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得，做这个分析，先从跑流程开始，再去看原理。 为什么...
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VCF格式文件的shell小练习
前期准备,生成vcf格式 1.把突变记录的vcf文件区分成 INDEL和SNP条目 2.统计INDEL和SNP条目的各自的平均测序深度 3.把I...
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肿瘤突变负荷计算0.肿瘤突变负荷(TMB)[http://222.70.95.243:6893/files/TMB/TMB.html#%E8%82%BF%E7%...
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circos 可视化手册-highlights 篇
通过ideogram和ticks这两个block, 我们能够把全部的染色体信息绘制在circos 图片中，但是染色体只是提供了一个基础的坐标系统...
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GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
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RNA-seq 检测变异之 GATK 最佳实践流程
tags： RNA-seq GATK STAR SNP INDEL RNA-seq 序列比对 对 RNA-seq 产出的数据进行变异检测分析，与...
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肿瘤外显子全流程notesPart0背景知识 Q：什么是外显子测序呢？A：外显子组测序是指利用序列捕获或者靶向技术将全基因组外显子区域DNA富集后再进行高通量测序的基因组...
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WGS全流程的学习笔记
Part1 数据下载 先去Korean Personal Genome Project下载了编号为KPGP-00001的数据。 先说一下KPG...
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任何人！十分钟掌握Circos图绘制
写在写在前面的前面 我不喜欢调用外部程序，如果是简单的事情。我觉得应该用最简单的方式来实现。如果你只是想画一个简单的Circos图，perl？不...
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