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等了好久的B站TCGA笔记（1-2章） -
11 生存模型的C-index
现阶段用的最多的是肿瘤患者预后模型的预测精度。 C-index，C指数即一致性指数（index of concordance），用来评价模型的预...
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使用coxph 回归和logrank test对TCGA数据做批量生存分析批量生存分析 使用 coxph 回归方法 批量生存分析 使用 logrank test 方法 参考来源：生信技能树 友情链接： 课程分享生信技...
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GEO在学习-代码GEO再学习 GEO数据挖掘已经成为生信学者必备技能,我以为自己会跑代码了就是会了,其实呢,细细去领会每个细节,还是会发现很多盲区.听了晓娟老师...
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2018-09-30 如何理解survivalROC包的统计学原理生存分析中的ROC是怎么来的，ROC是对二分类资料的评价指标，那对于生存资料呢？ 首先我们分析生存资料的特点：（1）包含有结局和时间两个方面的信...
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肿瘤免疫浸润分析工具汇总-数据挖掘新高度
2018年肿瘤免都疫荣获诺奖，成为一大热点。咱有些小伙伴的数据库挖掘却一万年停留在那些被玩坏了的套路上，比如像这样做一个GEO的差异分析，就放上...
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复现详解：纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度一 . 从GEO数据库中下载表达矩阵文件 GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_mat...
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RNA-seq练习 第三部分（DEseq2筛选差异表达基因,可视化）DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart) DESeq2对于输入数据的要求1.DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。2.DESe...
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TCGA视频课程笔记（上）TCGA-101-课程介绍-需要哪些背景知识 基于TCGA28篇教程 掌握以下基础知识： 概念、研究范围、数据来源、数据存储、数据格式、癌症相关...
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文献推荐-基因共表达网络分析口腔鳞癌中的关键模块和hub基因Application of weighted gene co-expression network analysis to identify ...
专题公告
数据库挖掘，有意思
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