Orthofinder产生的Orthogroups.GeneCount.tsv不能直接作为CAFE软件的输入文件，需要做如下处理：filter_...
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如何获得cafe所需要的过滤后的基因家族基因数目文件
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重新认识TBtools，减少你的生信分析烦恼（20190422）写在写在前面的前面 或许，没有人知道TBtools到底是什么？能干啥。但是看完这个推文，或许你就知道了其中的一部分。 写在前面 TBtools对...
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使用IQ-TREE构建系统进化树最近投文章，审稿人问了一个关于系统进化树的问题。 Reviewer: 1 I still don't understand, why autho...
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eggNOG 对基因组进行GO注释
简要介绍利用eggNOG进行在线注释GO 其原理将query序列与eggNOG编号的蛋白进行多序列比对，确定保守位点，分析其进化关系。 每个eg...
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基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)
前面简单介绍过基因矩阵转置文件格式（* .gmt）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4ODE0NTE3OA...
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GO和KEGG富集倍数（Fold Enrichment）如何计算前面我们简单介绍过ggplot2画KEGG富集柱形图[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.we...
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GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol
前面在讲GO和KEGG富集倍数（Fold Enrichment）如何计算[https://link.zhihu.com/?target=http...
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【转录组08】功能注释&功能富集上一步差异表达分析拿到了表达谱【比如当用药物处理之后，实验组中哪些基因的表达发生了变化】 GO数据库 Gene Ontology 允许在各种水...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Di...
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TBtools进行GO富集分析1、下载GOA文件，下载网址如下：http://current.geneontology.org/annotations/index.html[...
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