前面简单介绍过基因矩阵转置文件格式（* .gmt）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4ODE0NTE3OA...

GSEA简介 基因集富集分析（GSEA）是一种计算方法，可确定先验定义的基因集是否在统计上显示两种生物学状态之间存在显着一致的差异。来自官网：G...

Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布...

单细胞数据挖掘||Garnett :基于监督学习的细胞注释算法 10X 单细胞细胞类型手动定义||Identifying Cell Types ...

分析流程 1.上传四个样本原始就文件到服务器 参考https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67[https://...

Paper：Tumor Evolution and Drug Response in Patient-Derived Organoid Mode...

富集分析方法 ORA Over-representation analysis过表达分析，常见的是GO富集分析和KEGG富集分析； FCS fu...

如前所说，过表达富集分析有不少缺点。因此以GSEA为代表的FCS方法也是人们所倾向的选择。接下来将简单了解下方法原理，并利用差异分析数据实操一遍...

常用富集分析包括GO富集、KEGG富集，这两种富集方式都是基于已经通过算法确定差异倍数的差异基因来分析的，而对于一些差异较小，但可能起着重要作用...

单细胞测序数据也可以做gsea，步骤跟用RNAseq的数据差不多，主要是要用到差异基因并且根据Fold change来排序。 选择自己数据的物种...