之前我写过一篇文章群体遗传分析分层校正，该选用多少个PCA?，里面提到可以通过EIGENSTRAT软件确定显著的主成分，后续就可以将显著的主成分...
投稿
收录了10篇文章 · 6人关注
-
EIGENSTRAT计算PCA的显著性
-
SNP功能注释网站合集这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。 软件排名不分先后，优先顺序可以看推荐指数。 彩蛋在最后，请坚持看完 1、GWAS4D, 推...
-
LDtrait工具: 查找SNP及其高度连锁位点显著相关的表型
一周前Cancer Res (IF: 8.378) 新发了一篇文章“LDtrait: An Online Tool for Identifyin...
-
GWAS分析-说人话（15）- 如何查看SNP所在的基因前言 当我们获得一堆“感兴趣”/“有意义”的SNPs之后， 怎样知道这些SNPs所在的基因呢？ 不要告诉我一个一个在pubmed查就好～ 我们需...
-
群体进化-GWAS分析
群体进化-gwas分析 群体进化基础分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分...
-
LDheatmap | SNP连锁不平衡图（LD）可视化，自己数据实现版！
本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图，用来...
-
LD衰减图的理解与应用
在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。如何正确理解并且进行相关的LD连锁不平衡分析是群体遗传中很基本的一...
-
「群体遗传学实战」第三课: 如何对SNP位点进行过滤
往期教程 「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释 「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图 SNP位点过滤 SNP过滤...
-
「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图主成分分析(PCA)是一种线性降维方法，能从纷繁复杂的数据中抽离出关键因素，用来区分不同的样本。这里我们不谈PCA背后的数学原理，只谈哪些软件能...
-
「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释我们用于实战的数据集来自于2019年发表于NG的西瓜文章，它提供了GATK过滤后的SNP数据集用于分析，并且附录提供了完整的样本信息。该SNP数...
专题公告
加油少年
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1905160/3-1F10G11316.jpg', '推荐专题《GWAS学习》（ 分享自 @简书 ）','http://39.103.169.235/c/9b889ad5505b?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}