2019年的最后一天了，跟大家一起读一读文献吧，基于公共数据库数据挖掘发表在 Cancer Immunology Research杂志上，作者单...
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胃癌免疫微环境-生信分析典范 -
折腾了许久才复现出的WGCNA图-GSE106292你值得拥有
前些天老大布置了WGCNA的作业：下载GSE106292 数据集的 Excel表格如何读入R里面，做出作者文章中那样的图，但是分组很复杂，需要去...
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【代谢组学】4.生物标志物分析概念 生物标志物，即传说中的biomarker，是一类可测量的，用来表征疾病状态的物质，通常用于表征： 疾病的状态（是否为某种疾病/某种亚型）；...
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三分文章思路-1
三分文章思路-1 这篇3分文章思路记录下来，其实前面没有展示生信的图图，但是文章introduction部分，描述了通过TCGA数据库TCGA_...
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富集分析后取基因
文章是：Identification of ankylosing spondylitis-associated genes by express...
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基因芯片 寻找探针所对应的基因ID最近在学习处理芯片数据，遇到一个问题就是芯片数据和基因ID之间的对应问题。不然感觉自己做出的东西没有办法分析。 先来看一下芯片探针与基因直接...
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R 如何实现更快读取数据 - 使用readr包
Hadley Wickham 和 RStudio 团队开发了一个新的用于文本数据读取的包，那就是readr包。readr包提供了几个新的函数，能...
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CHETAH: sc-RNA-seq 细胞类型定义工具细胞类型识别对于单细胞RNA测序(scRNA-seq)研究至关重要，目前正改变着生命科学。CHETAH(分级分类辅助的细胞类型表征,CHarac...
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单细胞转录组数据分析||Garnett细胞类型注释工具Garnett是一个从单细胞表达数据中实现自动细胞类型分类的软件包。Garnett的工作方式是获取单细胞数据和细胞类型定义(marker)文件，...
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single cell marker 基因数据库在单细胞转录组测序中一个重要的方面就是定义聚类得来的cluster，一个思考的方向就是根据marker基因来定义cluster的细胞类型（cel...
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