DNA甲基化是一种被广泛研究的表观遗传修饰方式，与组蛋白修饰等方式一起，在调控基因表达和染色质构象等方面发挥了重要作用。通常地，甲基化DNA指5...
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表观遗传学: DNA甲基化 -
MethyIC-Seq是什么？和BS-Seq的关系是什么？
从根本上说，MethylC-Seq技术实际上就是Bisulfite Sequencing (BS-Seq)方法的优化版本。或者谈不上优化，个人理...
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群体遗传学亲缘关系分析亲缘关系分析实操 前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID...
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vcftools
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚...
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GWAS之表型最优无偏预测（BLUP)与遗传力计算表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测（Best Linear Unbiased Prediction，简称BLUP）可以对多环境数据进行整合...
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关于SNP的过滤（1）：如何使用vcftools进行SNP过滤
前言 很多关注我这个专题的朋友都在后台留言，说想了解更多关于SNP过滤的东西。是的，确实这是一个比较重要的问题。第一，过滤到一些低质量的SNP可...
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甲基化套路和甲基化有关的。可以先了解下甲基化：450k甲基化基础450K甲基化芯片数据处理传送门450k甲基化芯片常用工具包：ChAMP和minfi等。 ...
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基因注释
前情提要 搞NGS，注释文件是我们经常需要用到的。但是不同的实验室偏爱的数据库各不相同，甚至同一个课题组的小伙伴都会选择不同来源的数据库。那么不...
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「聚类分析」16聚类分析之KMeans算法与K中心点算法1.聚类 聚类属于无监督式学习。在无监督式学习中，训练样本的标记信息是未知的，算法通过对无标记样本的学习来揭示蕴含于数据中的性质和规律。聚类算法...
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[富集分析] 2、clusterprofile富集分析--上游分析1、富集分析的背景知识 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/0b938d0e652c]2、...
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