一、准备工作； 用excel创建如下图的excel数据，然后保存成CSV格式 创建工作目录 把准备好的文件放在这个工作目录下 一、读入数据； r...
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FST值的数据可视化 -
SNP calling及fst值的计算此处与云养江停的文章有略微差距 一.SNP calling 参照文章gvcf文件与vcf文件 - 简书 (jianshu.com)[https:...
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Fst的含义、计算与应用一、Fst含义 群体间遗传分化指数（Fst）：是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。Fst居于０~1之间，越接近1表示两个...
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群体变异数据vcf文件过滤概念及使用方法
标记过滤指标概念 miss 缺失率，即标记缺失的比例 一般过滤0.1或者0.2；对于简化基因组的也有进行0.5的过滤的，看具体需求了 maf 最...
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GATK4 非Spark模式运行
GATK4 非Spark模式运行 更新时间：2022-02-15 GMT+08:00 查看PDF[https://support.huaweic...
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重测序比对流程此文章是用以查看操作步骤简化版，详细解释可见文章全基因组重测序流程【超细致！！】 - 简书 (jianshu.com)[https://www....
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为什么要对插入或缺失周围的序列重新排列详见视频2015 GATK讲座 插入缺失的重新比对-科技-完整版视频在线观看-爱奇艺 (iqiyi.com)[https://www.iqiyi...
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sam格式头文件
以下有三篇关于SAM头部区的解读文章第一篇：SAM/BAM文件HEADER/FLAG/CIGAR作者：今天有觉悟1链接：https://www....
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SNP位点寻找流程——傻瓜版
本人通过无数个网上文章的指导，无数个萝卜的坑，终于摸索出了一整套完整的、傻瓜式的寻找全基因组的SNP实操流程。 仅以此文纪念我这俩个月的努力。 ...
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SAM格式具体信息SAM文件HEADER: SAM Format Header[https://www.samformat.info/sam-format-hea...
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