一次简化基因组数据分析实战 尽管目前已经有大量物种基因组释放出来，但还是存在许多物种是没有参考基因组。使用基于酶切的二代测序技术，如RAD-se...
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使用stack分析RAD-seq -
Wray2019 复杂性状预测 综述
Wray NR, Kemper KE, Hayes BJ, et al. Complex Trait Prediction from Genom...
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GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
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Melo2019 亲本分析的R包“apparent”
Melo, 2019, ‘apparent’: a simple and flexible R package for accurate SNP...
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Shu2020 4种SNP调用管道的比对
Testing pipelines for genome-wide SNP calling from Genotyping-By-Sequenc...
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Ratcliffe2015
Ratcliffe, B., El-Dien, O.G., Klápště, J., Porth, I., Chen, C., Jaquish,...
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将marker转成012格式
进行GS前，需要将标记格式转成012格式，0表示低频allele的个数，即M矩阵。在R中有包synbreed和SNPassoc能够完成这项工作。...
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生信小工具：Plink之下载安装与其基本格式（1）
谈起Plink相信熟悉的人更定都会知道，这是一个全面的基因组分析工具集，具有很多的小功能，在SNP数据统计，过滤，GWAS分析中都可以用得上，而...
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系谱重建 colony 使用指南最近在用Colony，和Cervus有所区别。下面是翻译自Colony的用户指南，供理解学习。软件下载地址官方COLONY | Zoologic...
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如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所传递的信息在GWAS研究中，Manhattan plot和QQ plot是最常画的两类图，它们可以把跟研究的性状（比如，基因型和身高）显著相关的基因位点清...
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