数据好不好，影响到结果的准确性，所以我们要来对数据进行过滤，过滤前，我们应该对数据的部分特征进行统计描述，以此为依据来进行过滤。 这里介绍的几个...
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2018-11-01GWAS实战（四）plink 进阶之数据过滤 -
GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
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Fst的含义、计算与应用一、Fst含义 群体间遗传分化指数（Fst）：是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。Fst居于０~1之间，越接近1表示两个...
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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画点和连线展示群体间Fst值和群体内Pi值看论文 Genomic insights into the origin, domestication and diversification ...
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2021-01-03如何绘制选择性清除图（fst、pi、tajimad等）、）一、转载https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/109323644 vcftools --vc...
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基于VCF文件做基因渗入分析(Dsuite)Dsuite软件文章：Malinsky, M., Matschiner, M. and Svardal, H. (2021) Dsuite ‐ ...
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泛基因组分析流程ppsPCP
论文 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/20/4156/5372683?lo...
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潜在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群体（区别于强人工选择）中，如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性，随着环境变量的改变而变化，则这些环境变量往往...
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基于图形泛基因组的Reads比对的审阅与可视化最近研究中遇到个问题，就是翻来覆去似乎并没有找到类似IGV那种看read比对的基于图型泛基因组的基因组浏览器emmm。。 因此，我们决定，自己做...
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bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW DATA，使用NGSQCTool...
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