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Bioinformatics Workbook：一个生信学习网站 | 不需要翻 | 示例数据+代码 -
组装细菌基因组一、在Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/）找到一篇细菌基因组文章 1.标题如下image.p...
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RIdeogram：染色体数据可视化的R包已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiog...
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Circos手把手极简入门（Windows篇）Circos是数据展示的一个极佳方式。是每一个男人都应该学会的必备技能！ 如果按照我这个教程都搞不定的话，还是建议先别看别人的高阶教程了。 Ci...
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「基因组注释」使用RepeatModeler从头注释基因组的重复序列
RepeatModeler可用来从头对基因组的重复序列家族进行建模注释，它的核心组件是RECON和RepatScout。 使用方法 以拟南芥的参...
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「基因组注释」构建重复序列数据库
本文参考自Repeat Library Construction-Advanced，整体思路一致，但是所用软件有所不同。 流程主要分析MITE和...
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Meta小课题：K-mer什么是K-mer? mer : 分子生物学领域中意义为：monomeric unit ( mer) ：单体单元，相当于nt或者bp。通常用于双链...
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JELLYFISH简介及使用
软件简介 功能 统计并筛选DNA序列中k-mers的数目，输出的结果为二进制文件，能够使用jellyfish dump转换成文本文件。 最终得到...
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纯二代测序从头组装基因组基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(re...
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基因组survey基因组survey 在组装基因组之前一定要先对要组装的物种有一个大致的了解，判断其复杂程度, 标准如下 基因组大小：基因组越大，测序花的钱越多 ...
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