Structure分析 Structure分析使用了与进化树和PCA截然不同的算法，所以能够解决后两者不能解决的问题。先预设群体由若干亚群(k=...
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重测序分析（11）群体进化分析之structure分析 -
群体进化选择消除分析要做选择性消除分析，首先就要把如下的理论记住熟记于心。 中性进化假说： 分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中...
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计算SNPs间的连锁不平衡（LD，linkage disequilibrium）基本概念 连锁不平衡（LD，linkage disequilibrium）是指 不同基因座（loci）的等位基因（allele）之间非随机（no...
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WGCNA（4）：通过WGCNA进行模块可视化在前面的帖子中介绍了数据的导入和清洗，网络构建的两种方法，模块与性状的关联，这篇文章将介绍如果进行模块可视化。WGCNA（1）：R包安装及数据导...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也称基因迁移） 是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入...
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从群体基因组数据推断祖先
最近看了一篇综述，粗略翻译一下文献：Padhukasahasram, B. (2014). Inferring ancestry from po...
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snpEff使用说明（下）-SnpEff注释SNP/INDEL上一期，给大家介绍了SnpEff注释数据库。这一期着重介绍SnpEff的命令，最后一期介绍注释结果解析 准备文件已经注释好的物种SnpEff注释...
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根据bam文件按特定区间长度统计测序深度并画折线图展示结果
第一步使用bwa将测序结果比对到参考基因组，获得sam格式文件 sam转换为bam并排序 统计测序深度用到的软件是BamDeal 软件对应的gi...
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GWAS全基因组关联分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因组关联分析的整个流程，并提供了基本的命令，用到的软件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
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样本量重要，还是测序深度重要? 生物信息工程师可以分为多少种类型? |《解螺旋技术交流圈》精华第3期今天，继续把发在“解螺旋技术交流圈”的部分主题整理出来，分享给你。 1. 请问对于同一份BAM文件使用samtools depth和用samto...
专题公告
群体遗传的相关指标
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