文献：Muhammad Tahir ul Qamar, Xitong Zhu, Feng Xing, Ling-Ling Chen. ppsPC...

目前，用于Hi-C辅助基因组组装的软件有LACHESIS、SALSA2、3D-DNA、ALLHiC等，包括这2年发的hic_hiker等， 这些...

Bionano数据既可以自己从头de-novo出图谱，也可以依据参考序列混合组装出图谱。 ===从头组装==== AutoNoise + Spl...

在做基因组组装的过程中，当获得contig/scaffold之后，确定基因组的scaffolds/contig的顺序和朝向是重建染色体非常关键的...

前面写过如何用HiC数据进行挂载的，今天开始系统学习一下bionano（也可以做挂载这一步），因为最近接触的一个项目里面除了HiC数据，还有Bi...

====环境和测试数据准备===== 需要先安装OrthoFinder，这个参考前面一个帖子。然后今天我们主要来测试CAFE。 安装也比较简单：...

随着越来越多的植物基因组的组装，人们发现一个单一的参考组装并不能反映一个物种的基因多样性，这导致了泛基因组概念的产生。2020年7月20日，Na...

如果一个物种在进化过程中发生了多倍体化，那么，在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致）。...

前言：因为最近陆陆续续接手了几个物种的基因组项目，这也是生信分析中很大的一块。其中最基础的是组装和注释（当然我们实验室也做组装方法学的研究）。现...

虽然不是学生物或者医学的，但是听了很多生命科学的报告。关于生命的起源、进化——从个体到宇宙，生命是如何从无到有，又如何实现了现在的千姿百态——是...