IBS是指两个个体中共有的等位基因序列相同，IBS的遗传距离可以衡量样本间的相似性，评价其亲缘关系。
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IBS距离矩阵
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曼哈顿图的绘制
在生信分析中，我们都需要借助曼哈顿图来可视化Fst、iHS等选择信号的分析结果，那么，如何绘制曼哈顿图呢？ 我们这里使用R语言中的qqman包来...
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群体遗传研究——变异注释--snpEff和ANNOVARsnpEff snpEff4.0软件之后默认下载安装所有动物的库（ensembl的库） 但是ensembl的库有个缺点就是注释出来的基因是ens...
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2021.11.19 | 群体遗传结构、PCA、进化树
常见的群体结构的分析方法有admixture分析、系统发生数分析以及主成分分析等。 1、admixture分析 1）R语言绘图 admixtur...
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群体遗传变异——拷贝数变异分析基因组发生重排而导致的,一般指长度1 kb 以上的基因组片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的重复或者缺失。因此称为“微”缺失/重复...
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群体适应性分析——选择信号●选择信号：生物在自然选择或人工选择过程中，由于选择作用在基因组上留下的遗传多态性降低、连锁不平衡等选择印记。●选择性清除（selective ...
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动物驯化及群体历史研究●与驯化相关的研究热点主要集中在：家养动物何时何地被驯化？驯化途径是什么？驯化表型是什么？与驯化表型相关的基因有哪些？家养动物驯化地点大致主要集...
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主成分分析
数据过滤质控之后 PCA分析（gcta） 利用R绘图
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，...
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