背景： 染色质和染色体的结构和功能 每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA...
投稿
收录了17篇文章 · 137人关注
-
ATAC-Seq 数据分析（上） -
如何使用MACS进行peak callingMACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 这是MACS2的主要功能，因为MACS2的目的就是找peak，其他功能...
-
MACS2文档学习文档链接：https://github.com/taoliu/MACS/MACS2是ChIP-Seq、ATAC-Seq、DNAsel-Seq等分...
-
Week4— chromVAR:预测染色质可及性相关的转录因子第四周 2018— 06.11-06.17原文： chromVAR: Inferring transcription factor-associ...
-
Week25 — 人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-02Week24 — 人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-01上篇文章首先回顾了ATAC-seq方法的原理和优点，以及与其他研究染色质可及性方法的比较...
-
Week24 — 人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-01第24周 2018 — 10.28-11.3 原文链接：The chromatin accessibility landscape of pri...
-
第2篇：原始数据的质控、比对和过滤这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。 ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如...
-
MACS2 Call Peak 参数详细学习
随着测序技术的进步，染色质免疫沉淀技术被广泛用于研究全基因组蛋白-DNA互作。macs 基于一种新的模型可以很好的识别转录因子结合位点。macs...
-
第9篇：差异peaks分析——DiffBind学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异p...
-
第8篇：用网页版工具做功能分析和motif分析上一篇介绍了使用ChIPseeker对peaks的分布和邻近基因的注释。除此之外，下游分析通常还包括鉴定我们感兴趣的蛋白质结合的motif；鉴定...
专题公告
ATAC-seq数据分析
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1681631/crop1541781055386.jpg', '推荐专题《ATAC-seq》（ 分享自 @简书 ）','http://39.103.169.235/c/e1565ba11816?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}